该单位2016年至2018年间，在扣缴职工工资薪金个人所得税时存在如下问题：一是当月发放上月工资薪金，次月代扣代缴当月实际发放的工资薪金个人所得税。对个别退休、离职、调动的员工，未能代扣到离职前一个月实际发放的工资薪金个人所得税；二是该单位实际发放的部分职工奖金（如风险抵押金奖励、提质增效奖、核心管理人员嘉奖、加班费、其他奖金等）未纳入个人所得税计税收入额，未按规定代扣代缴工资薪金个人所得税；三是每个季度预发年终奖金、部分其他奖金，未纳入实发当月个人所得税计税收入额扣缴个人所得税，而汇总在当年12月按全年一次性奖金计税方法扣缴个人所得税。2016年应扣未扣个人所得税751475.01元，2017年应扣未扣个人所得税82248.09元，2018年应扣未扣个人所得税916193.00 元，三年合计应扣未扣个人所得税1749916.10元。

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定，对该单位处以应扣未扣个人所得税款（1749916.10元）百分之五十的罚款，计874958.06元。